黑暗力量绑架了武藤双六的灵魂，强迫游戏参加自己主办的「决斗者王国」大赛。游戏想救出爷爷，就必须赢得比赛的冠军并打倒帕加索斯。为此游戏一路过关斩将，得以与帕加索斯展开决斗。帕加索斯利用能够看穿对手心理的「千年眼」占据优势，但最后被游戏用人格交替的手法破解。最终游戏仪式召唤出「黑混沌之魔术师」，击破了帕加索斯的终极王牌「千眼纳祭魔」，救出了被帕加索斯封印的灵魂（在漫画中，帕加索斯被暗貘良杀死并夺走千年眼）。[5]

　　ddd篇

　　班上新来的转学生御伽龙儿，夺走了游戏的千年积木，要挟游戏用自己开发的新游戏「ddd」龙骰格斗（动画版称为ddm）对决，目的是替因在游戏中输给双六而毁容的父亲报仇。表游戏为了夺回积木而战，并在这场第一次玩的游戏中打倒了御伽。（动画版进行了大量改编，将御伽的战斗理由改为替帕加索斯复仇，而夺走千年积木要挟表游戏则改成为被马利克操控的基斯）[6]

　　战斗城市篇

　　暗游戏在美术馆看见了一块刻有自己、海马、青眼白龙、黑魔导的古埃及石板，意识到了自己之所以不知道自己是谁的原因，即为自己的记忆在三千年前也随着自己的灵魂被封印了，他决定寻找自己遗失的最重要的记忆，而这个方法就是集齐由帕加索斯创作的「三幻神」卡。

　　另一边，守墓一族的传人马利克为了向法老王复仇，组建了稀有卡狩猎集团「古鲁斯」。他的姐姐伊西丝·伊修达尔为了阻止自己的弟弟对法老王展开的复仇，将「三幻神」中的「欧贝利斯克的巨神兵」交给海马，希望他能利用海马集团的力量引出马利克并阻止他的yin谋。海马为了从游戏处夺回「决斗王」的称号，在童实野市举办「决斗都市」大赛。暗游戏与城之内克也等人都参加了比赛。暗游戏击败了使用盗版「艾克佐迪亚」的猎人与同样使用「黑魔术师」的魔术师潘多拉，其后在马利克操控的默剧演员手中夺得了「奥西里斯的天空龙」，并且与海马联手击败了前来袭击的数名「古鲁斯」猎人。

　　但城之内克也被马利克控制，在码头中强迫暗游戏进行决斗。表游戏不忍暗游戏与城之内自相残杀，愿意牺牲自己让城之内获胜。最后城之内恢复理智，成功将游戏解救出来。

　　「决斗都市」的8强比赛改为在海马集团的飞艇上进行。暗游戏首先用「奥西里斯的天空龙」击败了暗貘良。在4强比赛中，游戏击败了海马，海马将「欧贝利斯克的巨神兵」与「恶魔的圣域」交给了游戏。决战中与马利克操控的「太阳神的翼神龙」展开了激斗，游戏成功击败马利克，将马利克的黑暗人格埋葬，也终于将

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