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对于具体的指挥权，朱皇帝提的不多，不过意思也很明显坚决，不再允许文官直接插手指挥，指挥权力收归军事主官，武职监军干涉主官指挥，必须事后上报，由多部门联合审查，若出现严重错误，监军要接受军法惩罚。
大明早就是战区制，朱皇帝会根据情况，对战区进行进一步合理划分，给予战区军事长官挂印总兵官更大的战时指挥权。
讨论到这里，朱皇帝把兵部的权力大大砍了一刀，当然也会给予补偿。
很快，他就说出了对兵部的改革计划。
兵部职方司，很快会被直接被废除，武人的军功评定，将会分别归属大都督府中的总监军部和独立的军种总部，军人涉军刑事犯罪行为由军事司法机关负责。
文选清吏司，自然是要保留的，兵部依旧保有对中下层武官的人事权力，不过只是有限制的职位调动权，也就是负责将领在军种系统内轮换，这个权力，目前还掌握在皇帝手里，文官们也是看不到的。
理所当然的，不用多说，高级武将的人事任免权力，直接掌握在皇帝手里，兵部只有建议权。
把这些改制计划都公布后，朱皇帝很快说出了对兵部的加强计划。
“营兵后勤补给目前没有统一的领导，主军有管粮郎中负责，客军虽由兵备、守巡道等员负责，实际却时常不能顾及，朕深为忧虑，因而想在兵部新设一后勤司，统一管理全队作战后勤。日后将相机于京外各要害处，设立后勤司仓库，负责接收、存储和分发粮草、弹药和武器等一切军需后勤物资。”
在座的都清楚客军补给困难这个大问题，对此自然是赞同的，作为兵部尚书的熊廷弼更是清楚，这是进一步加码了兵部的权力，这个后勤司，比起职方司，权力一点都不小。
于是熊廷弼的脸上立刻就浮现出了笑意，这一下，兵部对是否发动战争的话语权，就又大了不少。
也只有汪应蛟有些不满，管粮郎中属于户部外派人员，他的权力又被砍了一刀。
这一系列的改制，朱皇帝自然是经过深思熟虑的。
军事司法有其专业性，设立专业的军事司法机构，加强军事司法建设当然是必须的。军官战功和基层军官评级，这也是专业性很强的内容，由文官负责是极为不负责任的。
总的来说，他还是维持了文官政府控制军队后勤以及人事权力的现状大体不变，现代国家大部分都是这样运作，文官政府控制军队，这个大前提本身没有什么问题。宋明完全是搞得走火入魔，让文官直接兼职统帅，才出了大问题。
这一系列的制度建设，并不是一道圣旨下去就可以完成的，他自然还得做很多的功夫，还要花很多的时间才能在人才储备几乎没有的大明把这些都落实。
朱皇
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